截至2024年，香港中文大学（深圳）共设有七个学院和一个研究生院，开设了25个本科专业。具体专业设置如下：
经管学院
经济学
会计学
金融学
国际商务
市场营销
理工学院
数学与应用数学
化学（新增）
新能源科学与工程
计算机科学与技术
数据科学与大数据技术
生物医学工程
生物信息学
药学（新增）
生物科学（新增）
统计学
物理学
电子与计算机工程
集成电路与系统理学硕士（待批）
金融数学理学硕士（待批）
计算机与信息工程理学硕士
人文社科学院
应用心理学（全国排名59）
翻译
英语
国际组织与全球治理（拟新增）
城市管理（拟新增）
计算社会科学理学硕士
生命与健康科学学院
临床医学（新增）
医学院
（未详细列出具体专业，但提及培养具备专业医学知识与临床技能的人才）
音乐学院
音乐表演（新增）
建议：
经管学院的专业如经济学、金融学、会计学、国际商务和市场营销等，都是港中深的优势专业，深受学生欢迎。
理工学院的专业如计算机科学与技术、数据科学与大数据技术、生物信息学和药学等，具有很好的就业前景。
人文社科学院的应用心理学专业在全国排名较高，显示出较强的学术实力。
