运输公司在进行税务处理时，需要遵循以下步骤和规定：
增值税
运输公司作为增值税纳税人，其增值税税率通常为13%。
增值税的计算基于提供运输服务取得的收入，并考虑进项税额的抵扣。
简易计税方法下，税率为3%，适用于小规模纳税人。
企业所得税
税率为25%，基于公司年度收入扣除成本、费用、税金等后的利润计算。
其他税费
包括城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加等。
根据地方财政局规定的税率计算相关费用。
纳税申报
运输公司需定期向税务机关报送纳税申报表，并按时足额缴纳税款。
确保账目清晰、凭证齐全，以便税务机关进行审核。
税收优惠政策
运输企业可以依法享受税收优惠政策，如进项税额抵扣等。
独立核算
如果运输企业下设车队，且车队与企业是统一核算的，则车队为企业销售的货物负责运输，应按混合销售行为征收增值税。
如果车队与企业是两个独立的经济实体，则分别缴纳增值税和营业税。
发票管理
开票必须根据经营范围分开开票，对不同税率的项目分开核算。
运输企业不能开具增值税发票，只能开具运输发票。
请根据最新的税法规定和公司的具体情况，进行准确的税务计算和申报。若有更多问题或需要具体操作指导，请咨询专业的税务顾问或税务机关
